El Secretario de Salud, para el despacho de los asuntos de su competencia, se auxilia de diversos servidores públicos, unidades administrativas y órganos desconcentrados, y es a través de éstos que conduce sus actividades en forma programada y con base en las políticas establecidas por el titular del Ejecutivo Federal, para el logro de los objetivos y prioridades de la planeación nacional del desarrollo, del Sistema Nacional de Salud y de los programas a cargo de la propia Secretaría y de las entidades del sector que ésta coordina.

El Plan Nacional de Desarrollo 2019-2024 (PND), aprobado por Decreto publicado el 12 de julio de 2019 en el Diario Oficial de la Federación, es el principal instrumento de planeación de esta administración, y donde se definen las prioridades nacionales que busca alcanzar el Gobierno de México. Asimismo, el Programa Sectorial de Salud 2020-2024 (PSS), aprobado por Decreto publicado el 17 de agosto de 2020, es un programa derivado del PND, que establece los objetivos, estrategias y acciones a los que deberán apegarse las diferentes instituciones de la Administración Pública Federal para materializar el derecho a la protección de la salud consagrado por el artículo 4º Constitucional.

El PSS contempla 5 objetivos prioritarios. El cuarto objetivo se alinea con lo referente a "Política Social" en el PND y contempla las acciones relacionadas con la vigilancia sanitaria y epidemiológica, orientadas a la previsión de emergencias o propagación de daños a la salud que podrían atenderse con acceso a información, asesoramiento, acceso a servicios integrados y estrategias que modifiquen los factores estructurales de riesgo, y así mitigar sus efectos y preparar la capacidad de respuesta del sistema local o regional de salud.

Se ha determinado reubicar a diversas instancias de la Secretaría de Salud como el Centro Nacional de Excelencia Tecnológica en Salud y la Comisión Federal para la Protección contra Riesgos Sanitarios (Cofepris) y otros órganos desconcentrados que seguirán jerárquicamente subordinados a la dependencia, así como a diversas unidades administrativas, bajo el principio básico de que el criterio científico-técnico debe prevalecer en todo momento sobre cualquier otro, como señala el PSS.

En lo que respecta a la regulación sanitaria, el propio PSS señala que actualmente la Cofepris, como autoridad nacional, da atención a más de 300 trámites diferentes, por lo que es necesaria una reestructuración y una optimización de sus procesos, encaminados al combate de la corrupción y que fortalezcan la transparencia en su desempeño. Para fortalecer la regulación, el control y el fomento sanitarios, es necesario replantear las prioridades de Cofepris, hacia un énfasis en la vigilancia sanitaria de productos, servicios y establecimientos de salud, la farmacovigilancia, la tecnovigilancia y la emisión de autorizaciones y registros sanitarios de medicamentos eficaces, seguros y de calidad farmacéutica, así como en el fortalecimiento de los procesos de identificación y pronóstico de riesgos basados en evidencia irrefutable, para transformarla en una institución científica, tecnológica, humanista, al servicio de la población, protegiéndola de la diversidad de riesgos sanitarios, naturales y no naturales.

Cabe enfatizar que la Secretaría de Salud, autoridad sanitaria federal, a través de su órgano desconcentrado COFEPRIS, es quien conforme a la Ley General de Salud, reglamentaria del artículo 4º constitucional, y demás ordenamientos aplicables, ejerce las atribuciones de regulación, control y fomento sanitarios y, en ese sentido, el proyecto de Acuerdo de Adscripción, sometido el día de hoy al análisis regulatorio de la Comisión Nacional de Mejora Regulatoria, no altera la naturaleza jurídica de COFEPRIS, ni sus atribuciones legales, ambos aspectos regulados ampliamente en disposiciones legales y reglamentarias.