Sus antecedentes se encuentran en la petición al rey Fernando VI por parte de artistas valencianos para que se creara una Academia. El rey concedió el permiso y se creó la Academia de Santa Bárbara (inaugurada el 7 de febrero de 1753) en honor a la esposa de Fernando VI, Bárbara de Braganza, en la sede de la Universidad de Valencia.

Con la muerte del monarca y las dificultades económicas, el centro desapareció. Fue más tarde cuando, retomando la idea original, el rey Carlos III otorga por Real Cédula el reconocimiento de la academia el 14 de febrero de 1768, siguiendo el modelo de la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando y siguiendo la tradición francesa.

La denominación oficial fue la de Real Academia de las Tres Nobles Artes de San Carlos.

Para las diferentes materias llegaron Maestros Notables: Cosme de Acuña y Troncoso, acompañado de Gines de Anda y Aguirre para pintura; José Arias para escultura, Joaquín Fabregat para grabado y Antonio González Velázquez para arquitectura; este último se ocupó a su vez de la adaptación de los espacios.

En la Nueva España, a finales del siglo XVIII se notaba el gran deterioro de las producciones barrocas que manifestaban plena decadencia, lo que reclamaba cambios radicales con respecto a la arquitectura, principalmente, y a la pintura; Manuel Tolsá llegó a México en 1791 para encargarse de la dirección de Escultura en la Academia de San Carlos.

El estado cedió en 1838 el Convento de El Carmen, donde se siguió impartiendo la docencia y pudo aumentar y realzar sus colecciones artísticas agrupadas en el museo de bellas artes y museo de antigüedades.

Fue la primera escuela de arte en el Continente Americano, la Academia de San Carlos, cumplió ya 230 años de existencia. Desde su creación ha sido el centro medular de la creación artística en América, particularmente durante los siglos XVIII y XIX, al constituirse como el semillero de grandes talentos en el mundo del arte.

ESTUDIANTES DESTACADOS

Diego Rivera a partir de 1896 comenzó a tomar clases nocturnas en la Academia de San Carlos de la capital mexicana en contra de los deseos de su padre de ingresar al Colegio Militar, donde conoció al célebre paisajista José María Velasco.

José Clemente Orozco: a los veintitrés años ingresó en la Academia de Bellas Artes de San Carlos para completar su formación académica, puesto que su familia había decidido que aprovechara sus innegables condiciones para el dibujo en "unos estudios que le aseguraran el porvenir».

David Alfaro Siqueiros: Desde muy pequeño, David Alfaro Siqueiros mostró un gran interés por el arte, estudió en la Escuela de Bellas Artes de México y en la escuela de Santa Anita.

Después de la Revolución Méxicana, surgió con gran fuerza el muralismo, con el que pretendían unificar al pueblo. Siqueiros, acompañado por José Clemente Orozco, considerado el fundador del muralismo y el famoso Diego Rivera, destacado por sus murales revolucionarios, se distinguieron como los tres grandes del muralismo.

Durante la década de los setenta se crearon las carreras de Diseño Gráfico –ahora de Artes Visuales– y la de Comunicación Gráfica –ahora Comunicación Visual–, las cuales fueron mantenidas en la Academia de San Carlos hasta 1979, cuando la ENAP (Escuela Nacional de Artes Plasticas) se trasladó a sus nuevas instalaciones en Xochimilco. También se creó el departamento de posgrado, específicamente la Maestría en Artes Visuales.

Actualmente, en el edificio de la Academia de San Carlos se encuentra la División de Posgrado en Artes Visuales y Diseño Gráfico, la Jefatura de Educación Continua, la Coordinación de Difusión Cultural, distintos talleres, galerías, biblioteca y su Acervo Patrimonial.